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Fermeture de PlaFRIM du 1 au 6 août 2018

par Julien Lelaurain
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La salle serveur du bâtiment de Talence va faire l'objet de travaux de réfection du système de refroidissement et va nécessiter un arrêt total de PlaFRIM du 1er août à partir de 12h00 avec une remise en route dans la journée du 6 août. Nous vous remercions pour votre compréhension.

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Nettoyage de l’espace de stockage /lustre et mise en place de quota

par Julien Lelaurain
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Le système de fichier lustre "/lustre" est proche d'être saturé (en termes d'inodes). Si le système arrive à saturation, les nouveaux fichiers sur /lustre ne pourront plus être créés. Il est donc nécessaire à chaque utilisateur de faire du ménage dans son répertoire lustre personnel /lustre/<LOGIN> Nous rappelons que l'espace de stockage /lustre est une zone de travail temporaire et non sauvegardée. Pour stocker vos données non temporaires et volumineuses, il est aussi possible d'utiliser le service iRODS dont les informations sont disponibles ici : https://www.plafrim.fr/fr/utiliser-le-systeme-de-stockage-irods/ En parallèle, nous allons mettre en place un quota en nombre de fichiers par…

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Gestion de logiciels avec GNU Guix

par Ludovic Courtes
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En plus de module, les usagers de PlaFRIM peuvent gérer leurs environnements logiciels avec GNU Guix, un outil de gestion de paquets générique. Pourquoi utiliser Guix ? Guix peut s'utiliser en complément et en parallèle de module. Il y a plusieurs raisons pour lesquelles il peut s'avérer utile pour vous : Guix fournit plus de 7500 paquets notamment : des utilitaires comme tmux, des chaînes de compilation (GCC, Clang), des logiciels Python (Scikit-Learn, NumPy, etc.), des bibliothèques HPC (Open MPI, MUMPS, PETSc, etc.). Des binaires pré-compilés sont généralement disponibles pour les paquets que vous installez, ce qui rend l'installation rapide.…

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Comité des Utilisateurs PlaFRIM – Réunion du mardi 24 janvier 2017

par Nathalie Furmento
Comité utilisateurs | Pas de commentaire

Présentation Présents Abdou Guermouche Michel Bergmann Bill Allombert Nathalie Furmento François Rue Brice Goglin Héloise Beaugendre Lionel Boillot Marie Bonnasse (en remplacement de Julien Diaz) But de la réunion proposition d'évolution pour les queues de soumission --> maquette qui corresponde aux besoins des différentes communautés Demande d'Abdou concernant la queue longue: il ne faudrait pas que les machines spécialisées (power8, knl, souris) soient bloquées sur une durée trop longue, c'est moins gênant si on bloque une partie des miriels. Demande de Bill pour garder les queues longue (1 semaine) sur souris et mistral. Proposition: mise en place de 3 queues:…

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Post-traitement/Visualisation 3D

par Philippe Depouilly
Documentation | Pas de commentaire

Utiliser la visualisation 3D déportée avec VirtualGL et TurboVNC Pré-requis : - Installation sur votre poste client de TurboVNC Viewer Se connecter sur plafrim : module load slurm visu/srun srun-visu La première fois, il vous sera demandé un mot de passe afin de sécuriser la session X11 Attendre un résultat sous la forme : Waiting for a slot on a visualization server Desktop 'TurboVNC: visu01:1 (login)' started on display visu01:1 Starting applications specified in /home/login/.vnc/xstartup.turbovnc Log file is /home/login/.vnc/visu01:1.log Launched vncserver: visu01:1 Now, in another terminal, open a new SSH session to plafrim like this: "ssh plafrim -N -L 5901:visu01:5901…

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Table ronde Intel KNL

par François Rue
Animation scientifique | Pas de commentaire

mardi 28 mars 2017 de 14h00 à 16h00 lieu : salle Ada Lovelace  (Inria Bordeaux 3ème étage). Programme Xeon Phi Architecture Overview and roadmap - Asma Farjallah , HPC Application Engineer (Intel) & Alexandre Chauvin , HPC Account Executive (Intel) Evaluation and Usability of the Cache Aware Roofline Model on PlaFRIM Knight Landings - Nicolas Denoyelle (TADaaM) Evaluating the impact of Intel KNL memory settings on performance through case studies - Ian Masliah (HiePACS) Exploiting multi-level parallelism on Intel KNL - Terry Cojean (STORM)) Discussions

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Cluster KNL

par François Rue
Animation scientifique, Documentation | Pas de commentaire

une grappe de calcul à base de Xeon Phi autonomes (Knights Landing (KNL) ) a été installée au début du mois de Février 2017. Cette grappe est constituée de 4 KNL interconnectés avec de l'OmniPath. Les Knights Landing 7230 sont des architectures hautement configurable et paramétrable, pensés pour répondre au principal problème des systèmes actuels: le goulot d'étranglement que constitue la bande passante mémoire. Pour cela, la seconde génération de Xeon Phi (KNL) se dote d'une mémoire à très grande bande passante (high-bandwidth memory  HBM) basée sur de la multi-channel dynamic random access memory (MCDRAM). Cette mémoire est capable de…

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Événements

par François Rue
Animation scientifique, Annonces | Pas de commentaire

2018 7 décembre Présentation de PlaFRIM de 14h00 à 17h00 dans la salle Ada Lovelace.  Programme : Introduction générale Présentation technique Usage(s) de la plateforme Présentation du logiciel Guix   3 décembre Inria, PlaFRIM et CATIE sont organisateurs sur Bordeaux du Hacakaton GENCI 3 et 4 décembre 2018 Inria Bordeaux Sud-Ouest - Salle Ada Lovelace Le périmètre Thématiques des sujets : Optimisation : Amélioration des performances d’une application de recherche ou industrielle Portage : Portage d’une application sur de nouvelles architectures de calcul (GPU, ARM, FPGA, …) Grands sujets d’intérêts : Aide à la décision, Sciences Humaines et Sociales, Intelligence…

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Comité des Utilisateurs PlaFRIM – Réunion du vendredi 13 novembre 2015

par Nathalie Furmento
Comité utilisateurs | Pas de commentaire

Présents Heloise Beaugendre Michel Bergmann Lionel Boillot (remplaçant de Julien Diaz) Nathalie Furmento Brice Goglin Vincent Perrier Pierre Ramet (remplaçant d'Abdou Guermouche) Francois Rué Olivier Saut David Sherman Propositions suite à la réunion Annonce du nouveau site www.plafrim.fr Annonce de la réunion de présentation du 15 décembre Créer une queue veryverylong (1 mois) pour 20 noeuds miriel Ouvrir le site wordpress en écriture aux utilisateurs en faisant la demande Ordre du jour 1) Documentation - comment l’améliorer Un nouveau site www.plafrim.fr -- géré par wordpress -- est disponible. Il n'est pas encore complet, mais sera annoncé d'ici la fin du…

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Comité des Utilisateurs PlaFRIM – Réunion du lundi 2 mai 2016

par Nathalie Furmento
Comité utilisateurs | Pas de commentaire

Présentation Présents Bill Allombert (représentant d'Andreas Enge, Lfant) Heloïse Beaugendre (Cardamom) Michel Bergmann (Memphis) Julien Diaz (Magic-3d) Nathalie Furmento (Storm) Robin Genuer (Sistm) Brice Goglin (Tadaam) Abdou Guermouche (Hiepacs) Vincent Perrier (Cagire) Francois Rué (Représentant comité technique) Olivier Saut (Monc) David Sherman (Pleiade) Olivier Coulaud (Responsable PlaFRIM) Ordre du jour 1) Arrêt de PlaFRIM1 Mise à jour de manumanu/minotaure Les équipes continuant à utiliser la machine n'ont pas besoin de l'accès au lustre, et aux modules partagés de la plateforme. Il semble toutefois primordial de mettre la machine à jour pour pouvoir avoir une version récente de la glibc (ou…

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