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Journée scientifique PlaFRIM – 10 ans

par Olivier Coulaud
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Pour les 10 ans de PlaFRIM, nous organisons une journée scientifique le 23 mai 2019. Cette journée sera l’occasion de faire un bilan sur ce qui a été réalisé et d’ouvrir des perspectives lors des échanges et des discussions.   Les exposés scientifiques seront de 15 min et 5 min de questions. Les propositions sont à envoyer avant le 22 avril par mail à  plafrim10ans@inria.fr  au format suivant : TitreAuteur(s)EquipeRésumé Pour des raisons d’intendance, si vous souhaitez assister à cette journée nous vous demandons de vous inscrire sur le site https://plafrim10ans.sciencesconf.org  avant le 1er mai.Cette manifestation se déroulera dans l'amphithéâtre du LaBRI situé sur le campus de Talence. Bien cordialement.Olivier Aumage,…

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Événements

par François Rue
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2019 29 mai - Journée des 10 ans de PlaFRIM Jeudi 23 mai 2019 — Amphitéâtre du LaBRI, bât. A30, Université de Bordeaux, campus de Talence Plus de détails ici  20 mars - Présentation Genci Le 20 mars de 14h à 16h (Amphi du LaBRI), nous aurons une présentation de Jean-Philippe Proux, (Responsable des opérations du GENCI I http://www.genci.fr)  autour des thèmes suivants :  Des ressources nationales de calcul intensif à GENCI… gratuites ?! Comment puis-je y accéder ?  Un nouveau supercalculateur dédié en partie à l'Intelligence Artificielle chez GENCI disponible en juin 2019… Est-il pour moi ?  Et la place de GENCI dans…

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Fermeture de PlaFRIM du 1 au 6 août 2018

par Julien Lelaurain
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La salle serveur du bâtiment de Talence va faire l'objet de travaux de réfection du système de refroidissement et va nécessiter un arrêt total de PlaFRIM du 1er août à partir de 12h00 avec une remise en route dans la journée du 6 août. Nous vous remercions pour votre compréhension.

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Nettoyage de l’espace de stockage /lustre et mise en place de quota

par Julien Lelaurain
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Le système de fichier lustre "/lustre" est proche d'être saturé (en termes d'inodes). Si le système arrive à saturation, les nouveaux fichiers sur /lustre ne pourront plus être créés. Il est donc nécessaire à chaque utilisateur de faire du ménage dans son répertoire lustre personnel /lustre/<LOGIN> Nous rappelons que l'espace de stockage /lustre est une zone de travail temporaire et non sauvegardée. Pour stocker vos données non temporaires et volumineuses, il est aussi possible d'utiliser le service iRODS dont les informations sont disponibles ici : https://www.plafrim.fr/fr/utiliser-le-systeme-de-stockage-irods/ En parallèle, nous allons mettre en place un quota en nombre de fichiers par…

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Gestion de logiciels avec GNU Guix

par Ludovic Courtes
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En plus de module, les usagers de PlaFRIM peuvent gérer leurs environnements logiciels avec GNU Guix, un outil de gestion de paquets générique. Pourquoi utiliser Guix ? Guix peut s'utiliser en complément et en parallèle de module. Il y a plusieurs raisons pour lesquelles il peut s'avérer utile pour vous : Guix fournit plus de 7500 paquets notamment : des utilitaires comme tmux, des chaînes de compilation (GCC, Clang), des logiciels Python (Scikit-Learn, NumPy, etc.), des bibliothèques HPC (Open MPI, MUMPS, PETSc, etc.). Des binaires pré-compilés sont généralement disponibles pour les paquets que vous installez, ce qui rend l'installation rapide.…

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Redémarrage des passerelles

par François Rue
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Les passerelles (machines de développement devel11, devel12 et devel13) seront redémarrées vendredi 24 mars 2017, durant la pause méridienne. Cela permettra la mise à jour de ces machines. L'arrêt devrait durer 01h00.  

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Formation sur Allinea forge

par Hervé Mathieu
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L'équipe PlaFRIM organise régulièrement des formations pour les développeurs. Une formation sur Allinea forge aura lieu les 3&4 décembre 2015 dans les locaux d'Inria Bordeaux Sur-Ouest. Le programme : Getting started with Allinea Forge Profiling an HPC application using Map Enabling bug detection during the development process Identifying and resolving IO bottlenecks Bringing CUDA to a GPU code (hands - on) Tracking and resolving MPI deadlocks Competition: speeding-up Hydro Resolving issues within a GPU code using shared memory Optimizing an OpenMP application for Intel Xeon Phi Integration of Allinea Forge with version control system Resolving domain decomposition issues

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Politique de nommage des modules

par Nathalie Furmento
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Les utilisateurs peuvent installer des modules à partager avec l'ensemble de la communauté dans le répertoire /cm/shared/dev. Il suffit d'appartenir au groupe unix plafrim-dev (merci de faire un ticket à plafrim-support pour demander d'être ajouté au groupe). Afin de limiter la prolifération de modules et de permettre une meilleure lisibilité, il a été décidé de classer les modules en catégories. Chaque module appartient à une catégorie, qui peut être par exemple trace ou statistics. La politique de nommage des modules est la suivante: <catégorie>/<module>/<option>/<version> en ayant autant d'options que nécessaire, ou aucune. Les membres du groupe plafrim-dev peuvent créer des…

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Gestionnaire de travaux : SLURM

par redouane bouchouirbat
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SLURM (Simple Linux Utility for Ressource Management) est un gestionnaire de ressources de calcul sous linux, capable de gérer deux à des  milliers de serveurs et des centaines de clusters de plusieurs nœuds à la fois. Qui plus est SLURM est un système d'ordonnancement de tâches très puissant. ( pour plus de détails http://slurm.schedmd.com/). Toutefois, pour un usage rapide de slurm, la page suivante décrit une base suffisante pour lancer ses premiers travaux. Utilisation simple : Tout d'abord vérifier votre connexion à la nouvelle plate forme, sinon demander un compte sur PlaFRIM. Slurm est accessible sur la nouvelle Plate forme,…

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PlaFRIM en quelques chiffres

par Hervé Mathieu
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Quelques éléments sur les machines...   89 noeuds "standards" : 2 Dodeca-core Haswell Intel® Xeon® E5-2680 Fréquence : 2,5 GHz 128Go de RAM (DDR4 2133MHz) 500 Go de stockage (Sata) Infiniband QDR TrueScale: 40Gb/s Ethernet : 1Gb/s   10 MIC Xeon Phi noeuds : 2 Deca-core Ivy-Bridge Intel® Xeon® E5-2670 v2 Fréquence : 2,50 GHz 25 Mo de Cache L3 128 Go de RAM Infiniband QDR : 40Gb/s Ethernet : 10Gb/s 2 Intel Xeon Phi 7120P   Fréquence : 1,238 GHz Nombre de Cores : 61 (244 threads) Mémoire Dédiée : 16 GB GDDR5 Vitesse mémoire : 2.75 GHz Interface…

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