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Gestion de logiciels avec GNU Guix

par Ludovic Courtes
Annonces, Documentation | Pas de commentaire

En plus de module, les usagers de PlaFRIM peuvent gérer leurs environnements logiciels avec GNU Guix, un outil de gestion de paquets générique. Pourquoi utiliser Guix ? Guix peut s'utiliser en complément et en parallèle de module. Il y a plusieurs raisons pour lesquelles il peut s'avérer utile pour vous : Guix fournit plus de 7500 paquets notamment : des utilitaires comme tmux, des chaînes de compilation (GCC, Clang), des logiciels Python (Scikit-Learn, NumPy, etc.), des bibliothèques HPC (Open MPI, MUMPS, PETSc, etc.). Des binaires pré-compilés sont généralement disponibles pour les paquets que vous installez, ce qui rend l'installation rapide.…

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Post-traitement/Visualisation 3D

par Philippe Depouilly
Documentation | Pas de commentaire

Utiliser la visualisation 3D déportée avec VirtualGL et TurboVNC Pré-requis : - Installation sur votre poste client de TurboVNC Viewer Se connecter sur plafrim : module load slurm visu/srun srun-visu La première fois, il vous sera demandé un mot de passe afin de sécuriser la session X11 Attendre un résultat sous la forme : Waiting for a slot on a visualization server Desktop 'TurboVNC: visu01:1 (login)' started on display visu01:1 Starting applications specified in /home/login/.vnc/xstartup.turbovnc Log file is /home/login/.vnc/visu01:1.log Launched vncserver: visu01:1 Now, in another terminal, open a new SSH session to plafrim like this: "ssh plafrim -N -L 5901:visu01:5901…

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Cluster KNL

par François Rue
Animation scientifique, Documentation | Pas de commentaire

une grappe de calcul à base de Xeon Phi autonomes (Knights Landing (KNL) ) a été installée au début du mois de Février 2017. Cette grappe est constituée de 4 KNL interconnectés avec de l'OmniPath. Les Knights Landing 7230 sont des architectures hautement configurable et paramétrable, pensés pour répondre au principal problème des systèmes actuels: le goulot d'étranglement que constitue la bande passante mémoire. Pour cela, la seconde génération de Xeon Phi (KNL) se dote d'une mémoire à très grande bande passante (high-bandwidth memory  HBM) basée sur de la multi-channel dynamic random access memory (MCDRAM). Cette mémoire est capable de…

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En test – une file avec préemption : « testpreempt »

par Laurent Facq
Documentation | Pas de commentaire

Présentation de la file "testpreempt" Une file en test "testpreempt" permet de lancer des jobs au delà des limites habituelles de façon à pouvoir exploiter au mieux les cœurs non utilisés (la journée mais surtout la nuit et le week end) sans pénaliser les jobs respectant les contraintes des files standards. Le prix à payer pour cela est que ces jobs peuvent être arrêtés ("préemptés") brutalement à tout moment si un job régulier peut démarrer. Votre job est ensuite redémarré quand de la place s'est libérée. Votre code doit donc sauvegarder très régulièrement son état ("checkpoint") en garantissant l'intégrité de cette sauvegarde (au cas où le job soit interrompu pendant la sauvegarde) et être capable de repartir depuis cette sauvegarde. Pour éviter que cette file ne soit utilisée par mégarde…

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Utiliser le système de stockage iRODS (Aquitain)

par Laurent Facq
Documentation | Pas de commentaire

Introduction Un système de stockage redondé iRODS est en place au MCIA (mésocentre Aquitain). Il vous permet de sauvegarder vos données de recherche. A savoir IMPORTANT : Aucun chiffrement n'est activé (hors authentification). Les données sont en clair sur les disques et sur le réseau. Le chiffrement, si nécessaire, est donc à gérer par vous même. Les données sont réparties sur 7 sites (Bordeaux et Pau). Chaque fichier déposé sur iRODS est par défaut stocké en 3 exemplaires : un à proximité du lieu de dépôt, un au MCIA (près d'Avakas), un dans un autre lieu. Quota par défaut :…

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Politique de nommage des modules

par Nathalie Furmento
Annonces, Documentation | Pas de commentaire

Les utilisateurs peuvent installer des modules à partager avec l'ensemble de la communauté dans le répertoire /cm/shared/dev. Il suffit d'appartenir au groupe unix plafrim-dev (merci de faire un ticket à plafrim-support pour demander d'être ajouté au groupe). Afin de limiter la prolifération de modules et de permettre une meilleure lisibilité, il a été décidé de classer les modules en catégories. Chaque module appartient à une catégorie, qui peut être par exemple trace ou statistics. La politique de nommage des modules est la suivante: <catégorie>/<module>/<option>/<version> en ayant autant d'options que nécessaire, ou aucune. Les membres du groupe plafrim-dev peuvent créer des…

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Gestionnaire de travaux : SLURM

par redouane bouchouirbat
Annonces, Documentation | Pas de commentaire

SLURM (Simple Linux Utility for Ressource Management) est un gestionnaire de ressources de calcul sous linux, capable de gérer deux à des  milliers de serveurs et des centaines de clusters de plusieurs nœuds à la fois. Qui plus est SLURM est un système d'ordonnancement de tâches très puissant. ( pour plus de détails http://slurm.schedmd.com/). Toutefois, pour un usage rapide de slurm, la page suivante décrit une base suffisante pour lancer ses premiers travaux. Utilisation simple : Tout d'abord vérifier votre connexion à la nouvelle plate forme, sinon demander un compte sur PlaFRIM. Slurm est accessible sur la nouvelle Plate forme,…

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